Ketika Majapahit runtuh (1527), Jawa menjadi lahan tak bertuan dan tidak mengenal satu kekuasaan tunggal. Pada saat yang sama juga, Wali Sanga mulai menyebarkan Islam melalui pantai utara dan Portugis datang ke Sunda Kelapa. Kekuasaan itu berpusat praktis tersebar di seluruh Jawa, menyebabkan keadaan kacau-balau. Perang terus merebut kekuasaan tunggal untuk membuat Jawa bermandikan darah. Jadi yang muncul di Jawa adalah daerah kecil (desa) dalam bentuk perdikan (desa yang tidak memiliki kewajiban untuk membayar pajak kepada otoritas pemerintah) dan menjalankan sistem demokrasi desa, dengan penguasa yang memegang Ki Ageng. Apakah Ki Ageng Pamanahan menguasai Mataram dan pada tahun 1577 mendirikan Kota Gede. Kemudian Panembahan Senapati, putra Ki Ageng Pamanahan naik menjadi Raja Mataram.
Pada saat yang sama ada juga mangir tanah garapan lokal dengan para pemimpin yang disebut Ki Ageng Mangir Wanabaya. Seperti daerah lain di Jawa, pertempuran perebutan kekuasaan tidak bisa dihindari, atau antara Mangir dan Mataram. Hal ini sangat dimungkinkan karena lokasi perdikan Mangir dan Mataram sangat dekat bersama-sama, sekitar  ± 30 km. Jadi persaingan antara dua kekuatan menjadi tak terelakkan, terutama dengan bisnis memenuhi janji Joko Ki Ageng Pamanahan Tingkir (Sultan Hadi Wijaya) untuk kendali penuh Mataram.
Pada akhirnya Ki Ageng Mangir Mangir hilang setelah kematian di tangan Panembahan Senapati ketika dihadapkan dengan Sekar Pembayun dalam sebuah pernikahan yang dibuat oleh rekayasa untuk menghancurkan kekuasaan Mangir dan Mataram daerah lain yang juga membantu mangir, dan di tahun 1581 berhasil Ki Ageng Pamanahan menguasai Mataram (dan seterusnya).
